CEDES fue fundado en 1975 como una organización civil sin fines de lucro, independiente y pluralista. Desarrolla actividades de investigación en ciencias sociales; formación de recursos humanos; y asistencia técnica. Su misión es fortalecer el desarrollo de la investigación y formar recursos humanos en investigación guiados por estándares de calidad y el compromiso de contribuir al debate social; al diseño, la implementación y la evaluación de políticas públicas; la formulación de marcos normativos; el fortalecimiento de la rendición de cuentas; y la incidencia informada. Su visión es contribuir al desarrollo económico y social, el fortalecimiento de la democracia, la promoción y garantía de los derechos humanos, la equidad social y de género y la preservación del medio ambiente.

CEDES se financia con los aportes de sus investigadores, el aporte institucional del Ministerio de Ciencia, Tecnología e Innovación Productiva, y los ingresos provenientes de su Programa de Gestión, Monitoreo y Evaluación. Está organizado como una cooperativa en la cual los investigadores de planta asumen el compromiso de aportar un overhead mensual de carácter individual, cuyo monto varía conforme la categoría académica. Los investigadores con seniority y mayor antigüedad se hacen cargo de la contribución correspondiente a los investigadores más jóvenes y los becarios.